Le microbiote intestinal humain compte plus de 1,000 espèces de bactéries. Un microbiote avec une biodiversité équilibrée est associé à des patients en bonne santé. Inversement, un déséquilibre du microbiote est corrélé à une dysbiose et à des interactions hôte-microbiote défectueuses. Parmi les interactions favorables, la bactérie commensale Faecalibacterium prausnitzii sécrète des peptides bioactifs, dérivés de la protéine MAM -Microbial Anti-inflammatory Molecule- dont l'expression bloque la réponse inflammatoire. Inversement, parmi les interactions défavorables hôte-microbiote, la sécrétion de l'oxide nitrique induit des dommages sur l'ADN. Pour combattre les interférences de l'hôte et limiter les mutations génétiques, les bactéries possèdent MFD -Mutation Frequency Decline, qui y joue un rôle pivot. Récemment, il a été reporté que MFD est requise pour la survie de la bactérie au sein de l'hôte, en la protégeant contre les dommages à l'ADN dû au stress NO. Ces deux exemples restent rares car malgré ces propriétés prometteuses, le microbiome reste encore largement inexploité et les produits de haute valeur ajoutée issue de ce microbiote restent rares. Un des verrous clairement identifiés est le manque de molécules qui conduisent spécifiquement une réponse de type probiotique.

Parce que le repliement 3D d'une protéine est robuste et est étroitement lié à sa fonction dans la cellule, la prédiction pertinente de repliement de protéines homologues d'une protéine cible, choisie pour son potentiel biologique et/ou thérapeutique est à exploiter. Dans le cadre d'un projet MEM financé par l'INRA et supporté par l'Université Paris-Saclay, notre projet vise à développer un outil Web destiné aux biologistes afin de cribler des écosystèmes complexes de type microbiote intestinal et d'identifier, dans le microbiote intestinal, des protéines, structuralement homologues à des protéines de référence, choisie pour leur potentiel thérapeutique ou biologique. Un tel outil adapté au criblage de méta-génomes, qui plus est, expérimentalement validé est inexistant. Le projet MetaFoldScan vise à développer un outil bioinformatique de type webserver afin de cribler de manière intensive et dans un temps computationnel raisonnable les génomes pour identifier des homologues structuraux associés à une protéine cible. Durant ce séminaire, je présenterai les enjeux et les étapes franchies pour la réalisation d'un tel outil.

Invited by Claire Attali (Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.)

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Centre De Rercherche (CdR) Saint-Antoine
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Le CRSA, UMRS_938 a été renouvelé par l'Inserm et l'UPMC pour 5 ans (Janvier 2014-Décembre 2018).

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Le CRSA regroupe un très fort potentiel pour la recherche biomédicale à la fois fondamentale et translationnelle. Les travaux de recherche sont réalisés en collaboration avec les services cliniques et biologiques des hôpitaux Saint-Antoine-Tenon-Armand Trousseau appartenant au même groupe hospitalier. Le CRSA est composé de 14 équipes de recherche labelisées par l'Inserm et l'UPMC et une équipe administrative, localisées principalement sur le site de l'hôpital Saint-Antoine et de l'hôpital Armand Trousseau.

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Le CRSA a deux thématiques scientifiques étroitement liées : la recherche en cancérologie et hématologie; et la recherche sur le métabolisme et l'inflammation. Ces thématiques sont étudiées au niveau fondamental, physiopathologique, préclinique et clinique.

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Le CRSA dispose de plateformes techniques (Plateformes d'hébergement et d'expérimentation animale, laboratoires L2, L3 ) mais a également accès sur le site au réseau des plateformes UPMC telles que la spectrométrie de masse, lipidomique et protéomique, l'imagerie et la cytométrie en flux.