Le microbiote intestinal humain compte plus de 1,000 espèces de bactéries. Un microbiote avec une biodiversité équilibrée est associé à des patients en bonne santé. Inversement, un déséquilibre du microbiote est corrélé à une dysbiose et à des interactions hôte-microbiote défectueuses. Parmi les interactions favorables, la bactérie commensale Faecalibacterium prausnitzii sécrète des peptides bioactifs, dérivés de la protéine MAM -Microbial Anti-inflammatory Molecule- dont l'expression bloque la réponse inflammatoire. Inversement, parmi les interactions défavorables hôte-microbiote, la sécrétion de l'oxide nitrique induit des dommages sur l'ADN. Pour combattre les interférences de l'hôte et limiter les mutations génétiques, les bactéries possèdent MFD -Mutation Frequency Decline, qui y joue un rôle pivot. Récemment, il a été reporté que MFD est requise pour la survie de la bactérie au sein de l'hôte, en la protégeant contre les dommages à l'ADN dû au stress NO. Ces deux exemples restent rares car malgré ces propriétés prometteuses, le microbiome reste encore largement inexploité et les produits de haute valeur ajoutée issue de ce microbiote restent rares. Un des verrous clairement identifiés est le manque de molécules qui conduisent spécifiquement une réponse de type probiotique.

Parce que le repliement 3D d'une protéine est robuste et est étroitement lié à sa fonction dans la cellule, la prédiction pertinente de repliement de protéines homologues d'une protéine cible, choisie pour son potentiel biologique et/ou thérapeutique est à exploiter. Dans le cadre d'un projet MEM financé par l'INRA et supporté par l'Université Paris-Saclay, notre projet vise à développer un outil Web destiné aux biologistes afin de cribler des écosystèmes complexes de type microbiote intestinal et d'identifier, dans le microbiote intestinal, des protéines, structuralement homologues à des protéines de référence, choisie pour leur potentiel thérapeutique ou biologique. Un tel outil adapté au criblage de méta-génomes, qui plus est, expérimentalement validé est inexistant. Le projet MetaFoldScan vise à développer un outil bioinformatique de type webserver afin de cribler de manière intensive et dans un temps computationnel raisonnable les génomes pour identifier des homologues structuraux associés à une protéine cible. Durant ce séminaire, je présenterai les enjeux et les étapes franchies pour la réalisation d'un tel outil.

Invited by Claire Attali (This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.)

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Centre De Rercherche (CdR) Saint-Antoine
INSERM - UMR S 938

Hôpital St-Antoine

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Saint-Antoine Research Center

The CRSA was renewed jointly by Inserm and UPMC as UMRS_938, for 5 years from January 2014 to December 2018.

Last publications

Presentation of the Centre

The CRSA regroups a very strong potential for biomedical research oriented towards both fundamental and translational research. Research is performed in association with the clinical and biological departments of the Saint-Antoine-Tenon-Armand Trousseau hospitals belonging to the same General Hospital Group. The CRSA is composed of 14 accredited research teams and one administrative team located mainly on the site of the Saint-Antoine hospital but also of hospital Armand Trousseau.

Scientific activities

Two scientific interacting orientations are identified: Research in Oncology and Haematology; and Research in Metabolism and Inflammation and Tissue Repair. They include several aspects of translational research : Fundamental; Preclinical; Pathophysiological and Aspects more specifically clinical.

Collective facilities and technological platforms

The Research Centre developed collective facilities (such as L2, L3 laboratories) but is also implicated in UPMC networks (for technologies such as Mass spectrometry, lipidomic and proteomic; Cell and tissue imagery and flow cytometry ; Imagery and functional exploration of small animals)